Para estabelecer o diagnóstico das Doenças Inflamatórias do Intestino (DII), o médico deve primeiro excluir outras possíveis causas da inflamação. Por exemplo, as infeções por parasitas ou bactérias que podem causar inflamação. Portanto, o médico realiza vários exames.

Para identificar evidências de infeção por bactérias ou parasitas, amostras de fezes são analisadas. Estas infeções bacterianas podem ser adquiridas durante uma viagem, por exemplo. No entanto, a infeção por Clostridium difficile pode resultar do uso de antibióticos.

Amostras de tecidos podem ser retiradas do revestimento do reto durante sigmoidoscopia (um exame do cólon sigmoide, usando um tubo para visualização). Estas, são examinadas com microscópio para encontrar evidências de outras causas da inflamação do cólon (colite). Essa remoção e exame de tecido é chamada biópsia.

Posteriormente, os médicos consideram outras doenças que causam sintomas abdominais similares. Síndrome do intestino irritável, colite isquémica, má absorção, certos distúrbios ginecológicos em mulheres e doença celíaca, são alguns exemplos. O médico pode realizar estudos por imagem: radiografia, Tomografia Computorizada (TAC) ou imagem por Ressonância Magnética (RM) do abdómen, para descartar outras doenças. O médico pode realizar, também, endoscopia por cápsula de vídeo para avaliar o intestino da pessoa que apresenta a doença de Crohn.